Thông tư 78 và Nghị định 123 mới đã có những điều chỉnh về quy định hóa đơn, chứng từ. Theo đó, doanh nghiệp bắt buộc phải sử dụng hóa đơn điện tử từ ngày 01/07/2022.
Vậy đối với các doanh nghiệp, cửa hàng kinh doanh truyền thống hoặc mới bắt đầu kinh doanh chưa có hóa đơn điện tử thì thủ tục đăng ký phát hành hóa đơn điện tử như thế nào? Chủ kinh doanh, kế toán doanh nghiệp hãy thực hiện theo hướng dẫn dưới đây.
1. Quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử mới nhất
Các doanh nghiệp đang kinh doanh chưa sử dụng hóa đơn điện tử, sau khi nhận được thông báo từ cơ quan thuế yêu cầu chuyển đổi hóa đơn điện tử thì cần phải đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc hệ thống hóa đơn điện tử của thuế nhà nước. Doanh nghiệp đăng ký hóa đơn điện tử phải tuân thủ theo hướng dẫn trong Thông tư 78/2021/TT-BTC và Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

3 bước để phát hành hóa đơn điện tử:
Bước 1: Lập tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử gửi Tổng cục Thuế
Nội dung thông tin đăng ký hóa đơn điện tử, doanh nghiệp điền vào mẫu tờ khai số 01/ĐKTĐ-HĐĐT Phụ lục IA Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Mục A: Nếu doanh nghiệp đăng ký hóa đơn điện tử lần đầu, tích chọn Đăng ký mới, nếu doanh nghiệp đã sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định cũ và muốn chuyển đổi hay sửa đổi, bổ sung thông tin mới thì chọn Thay đổi thông tin.
Mục B: Điền đầy đủ các thông tin bao gồm: tên người nộp thuế, mã số thuế, cơ quan thuế quản lý, người liên hệ, địa chỉ liên hệ, điện thoại liên hệ, thư liên hệ. Phần Email cần điền chính xác Email của doanh nghiệp đang sử dụng để cơ quan thuế gửi thông báo kết quả đăng ký.
Mục 1: Hình thức hóa đơn: Doanh nghiệp căn cứ vào Điều 91 Luật quản lý Thuế và hình thức kinh doanh của mình để chọn hình thức hóa đơn điện tử có mã hoặc không mã hoặc theo yêu cầu của cơ quan thuế. Để xác định doanh nghiệp của bạn thuộc đối tượng nào, xem tại đây.
Mục 2: Hình thức gửi dữ liệu hóa đơn điện tử:
a - Trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế không phải trả tiền dịch vụ thì tích chọn đối tượng tương ứng.
b - Trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử không mã của cơ quan thuế: Doanh nghiệp tích chọn chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử trực tiếp đến cơ quan thuế nếu doanh nghiệp, tổ chức kinh tế sử dụng số lượng lớn hóa đơn, có hệ thống CNTT đáp ứng yêu cầu về định dạng dữ liệu chuẩn tại Điều 12 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, có nhu cầu gửi trực tiếp dữ liệu đến cơ quan thuế.
Hoặc doanh nghiệp, tổ chức kinh tế có mô hình công ty mẹ - công ty con và xây dựng hệ thống quản lý dữ liệu tập trung tại công ty mẹ. Toàn bộ dữ liệu hóa đơn điện tử của các công ty con được chuyển đến công ty mẹ và chuyển đến Cổng thông tin điện tử của Tổng cục thuế.
Tích chọn Thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử: các trường hợp còn lại, là các doanh nghiệp đăng ký sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử do các tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử cung cấp như Sapo, Misa, BKAV, M-Invoice, New-Invoice…
Mục 3: Phương thức chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử:
- Chuyển đầy đủ nội dung từng hóa đơn: các doanh nghiệp còn lại và doanh nghiệp sử dụng hóa đơn có mã. (hầu hết doanh nghiệp ở trường hợp này).
- Chuyển theo bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử: Áp dụng với các doanh nghiệp sau chuyển dữ liệu cùng kỳ kê khai tháng/ quý thuộc các ngành: bưu chính viễn thông, bảo hiểm, tài chính ngân hàng, vận tải hàng không, chứng khoán, điện, nước sạch.
Mục 4: Loại hóa đơn áp dụng: Doanh nghiệp chọn các loại hóa đơn sử dụng tương ứng
Mục 5: Danh sách chứng thư số sử dụng: doanh nghiệp đăng ký thông tin các chữ ký số sử dụng khi xuất hóa đơn.
Mục 6: Đăng ký ủy nhiệm lập hóa đơn: Tích chọn khi doanh nghiệp ủy nhiệm cho đơn vị khác lập hóa đơn, không thì bỏ trống.
Mục C: Thông tin chữ ký số ký trên bản đăng ký của doanh nghiệp.

Bước 2: Tổng cục Thuế gửi thông báo tiếp nhận đăng ký
Cổng TTĐT Tổng cục Thuế gửi thông báo điện tử về việc tiếp nhận đăng ký sử dụng HĐĐT cho DN, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh qua địa chỉ thư điện tử đã đăng ký với cơ quan thuế.
Bước 3: Thông báo chấp nhận cấp đăng ký hoặc từ chối từ Tổng cục Thuế.
Cơ quan Thuế có trách nhiệm gửi thông báo cho doanh nghiệp về việc chấp nhận hoặc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
Trong trường hợp doanh nghiệp không được chấp nhận phát hành hóa đơn điện tử, doanh nghiệp cần bổ sung nội dung theo yêu cầu của cơ quan thuế và thực hiện lại từ Bước 1.
2. Thời gian phản hồi của cơ quan Thuế
Sau khi gửi thông tin đăng ký phát hành hóa đơn điện tử lên cơ quan thuế, trong thời gian 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, cơ quan thuế có trách nhiệm gửi thông báo qua Email của doanh nghiệp hoặc gửi trực tiếp đến doanh nghiệp về việc chấp nhận hoặc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
Trường hợp doanh nghiệp, tổ chức đăng ký chuyển dữ liệu hóa đơn theo hình thức trực tiếp đến cơ quan thuế thì chậm nhất trong 05 ngày làm việc cơ quan thuế sẽ gửi lại phản hồi cho doanh nghiệp. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hạ tầng kỹ thuật và phối hợp với cơ quan Thuế để tiến hành kết nối. Thời gian thực hiện kết nối trong 10 ngày làm việc.
3. Có bắt buộc phải sử dụng chữ ký số trên hóa đơn điện tử không?
Căn cứ tại Điểm b Khoản 7 Điều 10 Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định về chữ ký số hóa đơn điện tử như sau:
- Trường hợp người bán là doanh nghiệp, tổ chức thì chữ ký số của người bán trên hóa đơn là chữ ký số của doanh nghiệp, tổ chức;
- Trường hợp người bán là cá nhân thì sử dụng chữ ký số của cá nhân hoặc người được ủy quyền.
Ngoài ra, tại Khoản 14 Điều 10 Nghị định 123/2020/NĐ-CP cũng quy định về những trường hợp hóa đơn điện tử không nhất thiết phải có chữ ký số:
- Trên hóa đơn điện tử không nhất thiết phải có chữ ký điện tử của người mua (bao gồm cả trường hợp lập hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho khách hàng ở nước ngoài).
- Hóa đơn điện tử của cơ quan thuế cấp theo từng lần phát sinh
- Hóa đơn điện tử bán xăng dầu cho khách hàng là cá nhân không kinh doanh
- Hóa đơn điện tử là tem, vé, thẻ
- Chứng từ điện tử dịch vụ vận tải hàng không xuất qua website và hệ thống thương mại điện tử được lập theo thông lệ quốc tế cho người mua là cá nhân không kinh doanh được xác định là hóa đơn điện tử
- Hóa đơn sử dụng cho thanh toán Interline giữa các hãng hàng không được lập theo quy định của Hiệp hội vận tải hàng không quốc tế

4. Một số điểm doanh nghiệp cần lưu ý khi cơ quan Thuế chấp nhận đăng ký hóa đơn điện tử
Kể từ thời điểm cơ quan thuế chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử của doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, hộ, cá nhân kinh doanh phải tiêu hủy hóa đơn giấy đã phát hành như chưa sử dụng và ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đã thông báo phát hành trước đó theo quy định cũ (nếu có). Thủ tục hủy hóa đơn điện tử thực hiện theo quy định tại Điều 27 Nghị định 123.
Theo quy định mới của Thông tư 78/2021/TT-BTC, doanh nghiệp không cần phải làm thủ tục thông báo phát hành hóa đơn điện tử, mẫu hóa đơn và số lượng hóa đơn với cơ quan thuế như trước nữa.
Khi đăng ký phát hành hóa đơn điện tử thành công, doanh nghiệp có thể tra cứu hóa đơn điện tử bán ra/ mua vào của mình trên cổng thông tin hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế.
Định kì hàng tháng, cơ quan thuế sẽ tiến hành rà soát các đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử có mã không phải trả tiền dịch vụ và gửi thông báo về việc chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ và thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn có mã theo quy định.
Đối với các trường hợp áp dụng hóa đơn điện tử không mã, định kì cơ quan thuế sẽ rà soát để thông báo doanh nghiệp chuyển đổi hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.
Xem thêm: Cách tra cứu hóa đơn điện tử mới nhất theo chuẩn Thông tư 78
Trên đây là thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo cập nhật mới từ Thông tư 78 và Nghị định 123. Các doanh nghiệp và tổ chức kinh doanh cần cập nhật để đăng ký phát hành hóa đơn điện tử và chuyển đổi sang hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế nếu cần.